Kurz nach der Erhebung Karls des Großen zum fränkischen König, begann dieser mit der systematischen Unterwerfung der sächsischen Bevölkerungsgruppen, um diese endgültig dem Fränkischen Reich einzugliedern. Ein Beschluss, der auch für die Geschichte der Stadt Paderborn weitreichende Veränderungen mit sich brachte.
Eine der ersten militärischen Maßnahmen Karls des Großen war die Eroberung der strategisch bedeutsamen Eresburg (heute Marsberg) südlich von Paderborn. Der Anmarsch erfolgte von Süden her über die „Frankfurter Straße“. 774 wurde die Burg von den Sachsen zunächst zurückerobert. Doch bereits 775 startete Karl der Große einen neuen Feldzug, der ihm den Anmarschweg von Westen her über den „Hellweg“ öffnete.
Auch das sächsische Dorf über und westlich der Paderquellen wurde von Karl dem Großen eingenommen. Die Archäologen fanden durch Feuer zerstörte sächsische Gehöftspuren im Bereich der Burg-/ Pfalzanlage.
In geschützter Lage oberhalb der Paderquellen wurde 776 vermutlich die in schriftlichen Quellen genannte „Karlsburg“ errichtet.
Im Jahre 1009 wurde Meinwerk zum 10. Bischof von Paderborn ernannt. In den 27 Jahren seiner Amtszeit
veränderte er das Bild seines Bischofssitzes grundlegend. Der Neubau des Doms, der Kaiserpfalz mit der Bartholomäuskapelle, des Bischofspalastes, des Abdinghofklosters im Westen und des
Busdorfstiftes im Osten sind herausragende Zeugnisse der "Bauwut" des
Bischofs. Die steinernen Zeugnisse seiner unermüdlichen Bautätigkeit prägen bis heute das Stadtbild.
Die Bischöfe dieser Epoche hatten sowohl weltlichen wie geistlichen Aufgaben gleichermaßen nachzukommen. Entsprechend verstand Meinwerk sein bischöfliches Amt als Königsdienst und sah sich als Fürst des Reiches. Als Lehnsherr des Königs war er verpflichtet, Hofdienste zu leisten und bei kriegerischen Auseinandersetzungen des Reiches ein Kontingent an Soldaten zu stellen und zu begleiten. So begleitete er Heinrich II. sowie dessen Nachfolger Konrad II. bei mehreren Kämpfen gegen die Polen.
In der Regierungszeit Meinwerks bevorzugten Heinrich und Konrad Paderborn als Aufenthaltsort für den kaiserlichen Hof. Siebenmal bezog allein Heinrich II. mit Gefolge und den Großen seines Reiches zur Feier des Weihnachts- oder Osterfestes die Kaiserpfalz. Mit acht Aufenthalten überbot Konrad II ihn noch. Am deutlichsten drückt sich vielleicht das Engagement des Bischofs für König und Reich in der Teilnahme an Reichsversammlungen, Hoftagen und Synoden aus.
In Verbindung mit den Jakobspilgern wird die Stadt erstmals um 1150 erwähnt, als der isländische Abt Nikulas einen Pilgerweg von Dänemark nach Paderborn beschreibt. Die deutliche Hervorhebung dieses Pilgerapostels am Domportal ist ein starkes Indiz dafür, dass man diesen Heiligen besonders verehrte und ihn zur Begrüßung der ankommenden Pilger erkennbar machen wollte.
Die Paradiesvorhalle des Domes vor dem Hauptportal war zwar in erster Linie zur Machtdemonstration und
zur Einstimmung der Gläubigen vor dem Betreten des Heiligtums gedacht, man vermutet aber, dass diese mit Türen verschließbare Vorhalle auch anderen Zwecken gedient hat z.B. als Gerichtsstätte
oder wie bei anderen Kirchen an den Pilgerwegen zur Unterkunft und Zuflucht für Pilger.
Nach Errichtung der Stadtmauern 1183 bevölkerte sich die Stadt zunehmend und entwickelt sich zum regionalen Mittelpunkt von Handel und Gewerbe. Die Paderborner Bürger trugen wesentlich zum Reichtum des Stadtherrns - des Paderborner Bischofs - bei. Zur Abwicklung der Geschäfte beanspruchten die Kaufleute und Bürger repräsentative Siedlungsflächen. Bevorzugt wurden Grundstücke in der Nähe des Marktes.
Im Laufe der Zeit emanzipierte sich die Stadtgemeinde und etablierte zunehmend Instrumente der Selbstverwaltung. Die Bürger traten immer mehr in Konkurrenz zum Bischof auf und es gelang ihnen durch reichlich vorhandenes Kapital die Macht der Bischöfe drastisch einzuschränken.
Emanzipation der Bürger
Am Anfang stand ein offener Konflikt der Bürger mit dem Domkantor Volland und Bernhard, dem Pfarrer der städtischen Bartholomäuskappele. Über beide verhängten die Bürger die Acht, wurden dafür jedoch im Gegenzug vom Mainzer Erzbischof exkommuniziert.
Obwohl der Streit schon nach vier Wochen mittels eines Vergleichs beigelegt werden konnte, bestand seither ein gegenseitiges Misstrauen, wie das Bündnis der Paderborner Bürger mit dem Erzbischof von Köln gegen ihren eigenen Bischof Simon I zur Lippe zeigt.
Dabei spielte der Versuch des Kölner Erzbischofs Engelbert I. eine Rolle, seinen Einfluss als Herzog von Westfalen auch auf Paderborner Gebiet auszudehnen. Der Erzbischof hatte nach einem Aufstand die Interessen der Bürger dadurch gestärkt, dass er bei König Heinrich VII. erwirkte, dass die Bürger einen Vizerichter wählen durften. Dadurch verlor unter anderem der bischöfliche Stadtgraf erheblich an Einfluss und der Bischof Bernhard III. (reg. 1203-1223) wurde aus Paderborn vertrieben.
Paderborn - Handelszentrum der Region
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1295 wird die Stadt Paderborn Mitglied der Hanse und betreibt überregionalen Handel mit dem Ostseeraum. Paderborn profitiert von seiner Lage an der Handelsroute Köln – Lübeck. Im Jahre 1327 ist das Recht zur Mitgliedschaft in dieser Kaufleutegemeinschaft - wie auch die Berechtigung zur freien Ratswahl - der Stadt durch Bischof Bernhard V. formell zugestanden und bestätigt worden.
Allerdings wird die Rolle Paderborns als Handelszentrum ab der Mitte des 13. Jahrhunderts nach der Verlegung der Haupthandelsroute auf die Achse Lübeck - Bremen - Münster - Dortmund – Köln zusehends auf eine lediglich regionale Bedeutung beschränkt
Aufruhr und Ausschreitungen bestimmten den Alltag Paderborns im Jahre 1528, als die Reformation in der Stadt ihren Anfang genommen hatte. Die Stadt bzw. ihre Bürgerschaft waren fortan bis zum Beginn des 17. Jahrhunderts zum größten Teil Anhänger des neuen Glaubensbekenntnisses.
Die Hinwendung Paderborner Bürger zum evangelischen Glauben lässt sich unter anderem durch den Fassadenschmuck der Häuser und aus der Entwicklung einzelner Menschen in dieser Zeit belegen. Beispiele dafür sind die Giebelfront des Adam und Eva-Hauses und der 1502 in Paderborn geborene Maler und Kupferstecher Heinrich Aldegrever.
Mit der Berufung des Jesuitenordens nach Paderborn durch das Domkapitel im Jahre 1580 wurde aber ein entscheidender Schritt in Richtung Rekatholisierung der Stadt getan. Verstärkt wurden die Tendenzen der Gegenreformation in Paderborn durch die 1585 erfolgte Wahl Dietrichs von Fürstenberg zum Bischof.
Nach langen Jahren der Wirren und Auflehnung gegen den Landesherrn wurden Bürgerschaft und Magistrat 1604 mit Gewalt unterworfen und der Bürgermeister Liborius Wichard in Gegenwart des Fürstbischofs gevierteilt. Je eines der Körperteile wurde zur Abschreckung an den vier Toren der Stadt aufgehängt. 30 Anhänger Liborius' Wichart wurden ebenso zum Tode verurteilt, jedoch schließlich zu hohen Geldstrafen vom Bischof begnadigt.
Die neuen Machtverhältnisse, die unbeschränkte "Stadtherrschaft" des Bischofs, spiegeln sich auch im Paderborner Rathaus, das in den Jahren 1613 bis 1620 nicht auf bürgerlich-städtische Initiative, sondern im Auftrag des Fürstbischofs neugebaut wurde. Seine Gestaltung im Stil der Weser-Renaissance beruhte auf dem Repräsentationswillen des "Stadtherrn": ein monumentaler Bau, dessen Giebelspiel den senkrechten und waagerechten Linien eines westfälischen Bauernhauses nachempfunden wurde, indem die Hauptfassade, bestehend aus einem großen Giebel, durch zwei Vorbauten auf Säulenhallen, sogenannten "Lauben", analog den Ausluchten eines Bauernhauses, spielerisch gegliedert wurde.
Die Anordung der verzierten Giebel und Erker an der Südseite lockern die Front zusätzlich auf. Gesimse, Fensterbänder und -gruppen betonen die Horizontale. Auffallend ist die aufwendige Gestaltung der Fenster in Halbsäulenfassung. Die Eingänge sind wie die Säulenhallen rundbogig gestaltet, - in Zierquadern, teils in Pfeiler gefasst.