Das Almetal ist als Naturschutzgebiet (Wälder und Quellen) ausgewiesen.
Darüber hinaus gibt es zwei weitere Naturschutzgebiete:
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das Naturschutzgebiet Almetal, ein etwa 3 km langer Abschnitt des Tals im oberen Flussgebiet zwischen dem Ort Niederalme bei Brilon und der Siedlung Multhäupter Hammer bei Büren mit einer Größe von 41,5 ha, sowie
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das Naturschutzgebiet Almehänge bei Ahden und Wewelsburg, fünf nicht zusammenhängende Flächen bei den beiden Dörfern mit einer Gesamtgröße von rund 19 ha