Als erste Nennung der Stadt gilt eine Urkunde von 1010. In der Vita Meinwerci, der Lebensbeschreibung des Bischofs Meinwerk von Paderborn, wird ein Graf Dodiko genannt, der um 1000 vom Wartberch aus große Teile des Hessengaus, Ittergaus und Nethegaus verwaltete.

Zur Versorgung der Burg wurden drei Wirtschaftshöfe in unmittelbarer Nähe angelegt: südöstlich die curia inferior (unterer Hof), nördlich die curia superior (oberer Hof) und östlich vermutlich später die curia media (mittlerer Hof).

Die vorteilhafte Lage der Burg und deren eindrucksvolle Größe hatten schon einige Zeit die Aufmerksamkeit des Paderborner Bischofs Meinwerk erregt, der sie seinem Bistum einzuverleiben wünschte. Der von Dodiko bevorzugte Erbe war sein unehelicher Sohn, der angeblich aus einer Beziehung zu einer Nonne stammte. Dieser kam jedoch 1018 wahrscheinlich bei einem Reitunfall ums Leben. Erbenlos war der Graf bereit, seine Güter und den Besitz dem Bischof in Form einer Prekarie zu übertragen. Der Bischof gewährte dem Grafen die Nutzung seines früheren Besitzes, dazu Kirchenbesitz, auf Lebenszeit. Dodiko starb jedoch bereits am 29. August 1020, so dass der Gesamtbesitz an das Bistum Paderborn fiel.

Die Paderborner Bischöfe bauten die Burg im 12. und 13. Jahrhundert planmäßig zur Absicherung ihrer Grundherrschaft nach Süden aus, errichteten einen hohen Bergfried, erneuerten die Kapelle zu einer dreischiffigen Andreas-Basilika, deren Krypta noch erhalten ist und umgaben das ca. 1,5 ha große Burgplateau mit einer 2,20 - 2,45 m starken, noch in Teilen erhaltenen Ringmauer.

Durch die günstige Lage auf einem Bergsporn nördlich der Diemel konnten von hier aus die dort den Fluss kreuzenden Handelswege kontrolliert werden.

Entstehung der Neustadt

Im nördlichen Teil, in der Nähe der curia superior (oberer Hof) ließen sich Siedler nieder, die vor allem aus den Bauerndörfern Molhusen, Bußdorf und Papenheim kamen. Unter Einbeziehung der curia superior und des umliegenden Gebiets wurde die Neustadt Warburg im Jahre 1228/1229 von Bernhard IV. zur Lippe gegründet, um seine politische Stellung im Diemelraum gegen das Vordringen des Kölner Erzbischofs zu sichern.

Verfassungsurkunde die Magna Charta Warburgs.

Altstadt und Neustadt schlossen sich im Jahre 1436 zu einer Stadt zusammen. Im Groten Breff (Großen Brief) wurde die Verfassung festgelegt und mit den Siegeln der beiden Städte Wartberg versehen. Auf dem Siegelabguss sind zwei Wehrtürme mit Doppelmauer sichtbar, unter dem Stadttor steht der Paderborner Bischof mit Stab, die Umschrift lautet: „Sigillium burgensium in wartborch“. Noch heute legen die Ratsherren und Bürgermeister ihren Eid auf den großen Brief ab.

Die Ratsversammlungen fanden im halbjährlichen Wechsel im Altstadtrathaus und im Neustadtrathaus am Marktplatz statt. Es gab zwei Bürgermeister, die jeweils ein halbes Jahr den Vorsitz führten. 

Neben den politischen Beschlüssen wurden im Groten Breff auch Regelungen zum Wirtschaftsleben getroffen. So hatten die Zunftmeister der Warburger Gilden der Kaufleute, Wollweber und Bäcker Mitspracherecht bei neuen Satzung.

Wer damals seinen Wein trinken wollte, musste eine längere Stadtwanderung in Kauf nehmen, wurde doch der Wein nur im Ratskeller ausgeschenkt - natürlich im Wechsel zwischen den Städten. 

Im "Großen Breff" verfügt der Rat dazu, dass "unser Liebfrauentor" zwischen beiden Städten Tag und Nacht für jeden Bürger offen stehen sollte, damit der geneigte Weinliebhaber zur Not noch ein weiteres Fass aufmachen konnte.

Das gemeinsame Rathaus zwischen den Städten wurde erst 1568, also 132 Jahre nach dem Zusammenschluss, erbaut.

Münzstätte

Der Aufbau des Paderborner Territoriums hatte im 13. Jahrhundert große finanzielle Mittel verschlungen. Um diese aufzubringen, verpfändeten die Paderborner Fürstbischöfe ihre Münzstätten an die Städte des Hochstifts: Paderborn, Warburg, Brakel, Nieheim, Hallenberg und Hofgeismar. Erst am Ende des 16. Jahrhunderts forderte der Landesherr das Münzregal zurück und zwang die Städte, die entsprechenden Privilegien zurückzugeben. Hierzu erklärten dann Paderborn und Warburg für alle Städte des Hochstifts ihr Einverständnis.

Die Währung wird um 1327 Warburger Denarien bzw. um 1366 auch alte Warburger Pfennige und Münte bzw. schwere Marken und Pfennige genannt.

1622 erhielt die Stadt die Fürstliche Konzession für den Oberwaldischen Distrikt zur Prägung von 4000 Reichstaler Kupfermünzen. Die Münzstätte befand sich am Marktplatz in der Altstadt.

Anschluss an die Wirtschaftsmacht

Die günstige geographische Lage Warburgs am Hessenweg – einer Handelsstraße, die durch die Furt der Diemel weiter über den Hellweg nach Holland führte – bot eine gute Wirtschafsbasis und die Grundlage dafür, dass sich hier Fernhändler ansiedelten. Familien mit dem Namen Rusce und Ruthenus bezeugen die Herkunft aus fernen Ländern.

Die Warburger Kaufleute handelten unter anderem mit Tuch, Leinwand, Wolle, Garn, Fellen und Leder.  

1364 treten beide Städte - Altstadt und die 1230 erbauten Neustadt - der Hanse bei.

Zahlreiche Eintragungen Warburger Bürger in Schuld- und Bürgerbüchern des Ostseeraumes aus dem 13. und 14. Jahrhundert belegen Handelskontakte bis nach Nowgorod, Riga in Russland und ins Baltikum. Im 16. Jahrhundert verlagerte sich der Schwerpunkt des Handels nach Holland.

Warburger Ratsvertreter nahmen an den Versammlungen der Hanse in Dortmund oder Soest teil. 

Das Vermögen, das die Warburger Kaufleute aus diesem Handel erwarben, dokumentierte sich in der regen Bautätigkeit während der Hansezeit. Trotz zahlreicher Brände und Kriege – vor allem der Dreißigjährige und der Siebenjährige Krieg zerstörten viel Substanz – sind noch zahlreiche Bauten aus der Zeit vor 1600 erhalten, die den Wohlstand und die wirtschaftliche Blüte Warburgs in der Hansezeit belegen. Wenngleich sich diese Bauten im Laufe der Jahrhunderte mehr oder weniger verändert und ihre ursprüngliche Zweckbestimmung längst verloren haben, bestimmen sie noch heute weitgehend das mittelalterliche Bild der Stadt.